La Confraternita della Misericordia è presente a Bracciano fin dal XVI secolo ed è nata come affiliazione della Confraternita di San Giovanni Decollato dei Fiorentini, costituita alla fine del Quattrocento a Firenze.
La confraternita, chiamata anche compagnia della Buona Morte, si occupava di confortare i condannati a morte negli ultimi momenti di vita e di dare loro una degna sepoltura.